El IECE nace el año 2014, reformulando el Centro de Investigación dependiente de la Facultad de Educación de la Universidad Autónoma de Chile, y estará encargado de definir las líneas de investigación y sus políticas que se orientan a la producción y difusión del conocimiento científico.
Este Instituto actúa de soporte de los procesos de formación, estructurando y administrando la investigación en educación con la misión de promover el mejoramiento de las prácticas pedagógicas.